Dopo aver superato i controlli del Sistema d’Interscambio, il soggetto emittente le fatture elettroniche ha l’obbligo di conservarle in modalità elettronica oppure su un server che non si trova sul territorio dello Stato italiano, applicando le regole di tenuta e conservazione previste dalla normativa italiana così che possano essere accessibili alle autorità.
Inoltre, la conservazione può essere svolta sia all’interno della struttura organizzativa di colui che produce le fatture elettroniche, sia presso un soggetto terzo ed imparziale che offra garanzie organizzative e elettroniche.